И тут я решил…
Как сказала бывший министр Скворцова, нужно «корригировать свою речевую продукцию». Мы прислушиваемся к указам министра и стараемся корригировать еще и письменную продукцию.
Кратко напомню кто такие критерии ACMG (American College of Medical Genetics) и почему мы все на них так молимся. При анализе данных секвенирования в первую очередь мы ищем причину наследственного заболевания. Но иногда бывает так, что мы находим мутацию, которая не имеет отношения к заболеванию по поводу которого нас спрашивает пациент. Такие находки либо обязательны к сообщению, либо, будь добр, храни эту тайну до самой своей смерти. Среди обязательных к сообщению, болезни рисками которых можно как-то управлять, некоторые наследственные раки среди них тоже есть (BRCA1/2, APC, весь Линч и другие). И вот пресловутого широко известного в узких кругах гена CHEK2 там нет.
Наш очередной кейс репорт. В лабораторию поступил парафиновый блок девочки 1.8 г. с атипической терато-рабдоидной (ATRT) опухолью головного мозга. Цель исследования – поиск возможной герминальной мутации в гене SMARCB1 или SMARCA4, обуславливающей Синдром предрасположенности к рабдоидным опухолям 1 или 2 типа (OMIM: 609322, 613325). Действительно, обычно для таких исследований пациенты сдают кровь, но в случае, когда кровь взять уже нельзя, а родители обеспокоены прогнозом деторождения, можно работать и с блоками, ведь герминальные мутации из них никуда не деваются.
В предоставленном блоке было 80% опухолевых клеток, поэтому ДНК выделялась по большей части из них. По результатам исследования патогенных и вероятно патогенных вариантов в генах SMARCB1 или SMARCA4 обнаружено не было. Но как всегда нашелся вероятно патогенный вариант в CHEK2 p.Arg188Trp (Hg19/chr22:29121242G>A), и не был бы он ни чем примечателен будь он гетерозиготным, все бы на него благополучно забили. Но у нас оказалась гомозигота. И не смотря на то, что гомозиготы в CHEK2 описаны как что-то чуть более опасное, даже гомозигота по почти «единственной» настоящей мутации в этом гене (1100delC) не является летальной и не вызывает какого-то особенно «злого» фенотипа.
Но, как Вы понимаете, мы имеем дело с блоком, а тут ещё возможен вариант соматической мутации, а также "огомозигоченной" гетерозиготы.
И здесь возможно врач онколог хотел бы знать, что в блоке его пациента есть участки потери гетерозиготности, а CHEK2 и вовсе входит во все панели для определения дефицита гомологичной рекомбинации...
Остаётся выбрать, строго следовать критериям ACMG и побольше намотать защитный слой фольги на голову, чтобы разные сверхценные идеи в нее не лезли или всё-таки оценивать такие результаты, как полноценную работу с самотическими мутациями?