Мы тут ваш анализ перепроверили...
Каждая уважающая себя лаборатория хоть раз получала письмо содержания: «мы тут ваш анализ перепроверили в двух других лабораториях и там нашлась/не нашлась эта мутация, потрудитесь пожалуйста объясниться, глубокоуважаемые коллеги!»
Ответ в виде фундаментального аргумента Никиты Сергеевича «Если я что-то утверждаю, я не обязан представлять доказательства, если вы утверждаете обратное, это вы должны доказательства предоставлять» - почему-то здесь не работает, никто никаких доказательств, кроме заключения другой лаборатории обычно не предоставляет, тем не менее надо как-то разбираться.
И если для разных тестов такие противоречия случаются крайне редко, один тест, даже не тест, а ген особенно отличился за последний год.
Диагностика мутации в гене PIK3CA проводится при разных ЗНО, однако чаще всего при люминальном раке молочной железы. Обнаружение мутаций 9, 20 экзонов позволяют назначить пациенту ингибитор альфа-изоформы PI3K алпелисиб.
И вот прилетело 2 случая, когда мы обнаружили мутацию в гене PIK3CA, а коллеги из других лабораторий, исследуя те же парафиновые блоки - нет. Различные банальности, вроде перепутали блоки или выделили ДНК не из опухолевых клеток – каждая сторона исключила как могла. Нам представляли результаты исследований, выполненных методом ПЦР, мы же в свою очередь выполняли анализ методом NGS. Чем в этом случае хорош метод, так это тем, что мы можем предоставить заказчику сырые данные секвенирования, а также данные секвенирования контролей. Заказчик может оценить качество данных, и в конечном итоге, как в случае этих двух кейсов, согласиться с нами в положительном результате.
Самые досужие придиры могут сказать мол Вы вообще в курсе, что у PIK3CA есть псевдноген и неспецифическая амплификация PIK3CA может привести к ложноположительной мутации E545A? Безусловно мы учитываем этот момент при разработке тест системы, но мутации мы находили в том числе и 1047 кодона. Кстати, что еще чудесно, частота аллеля выявленных мутаций, позволила перепроверить их секвенированием по Сэнгеру и предоставить окончательные неопровержимые доказательства заказчикам.
Но все-таки, конспирологическая теория, что РИКЗСА благосклонно показывается в опухолевых клетках лишь лаборатории Геномед кажется уж очень подозрительной. Остальные лаборатории добросовестно используют ПЦР тест, покрывающий обнаруженные нами мутации. Так почему же все так? Снова пресловутая опухолевая гетерогенность или субклональность мутации?
При первом приближении статей на эту тему оказалось не так уж и много и все достаточно старые.
Одно из самых популярных исследований (Каlinsky 2011) демонстрирует 95% конкодрантность результатов между различными участками одной опухоли и ставит под сомнение понятие опухолевой гетерогенности для РIКЗСА. Вот тут мы уже было возгордились, пока не получили 1 случай с обратным результатом. В данном кейсе мы получили отрицательный результат, зарубежные коллеги - положительный.
Отличный повод начать активнее искать статьи про опухолевую гетерогенность, ведь подтверждение практически любой точки зрения можно найти на pubmed..
Dupont- Jensen et al (2011) продемонстрировали 60% конкордантность результатов исследования различных участков опухоли на небольшой выборке пациентов. Может это как раз наш случай?
Почему с этим геном все так, предстоит еще разобраться. Не теорема Пуанкаре, но подискутировать с коллегами из других лабораторий, чувствую, еще придется.