Заходят в бар синонимичная мутация и патогенная
В июньском онкодайджесте мы опубликовали case report о том, как не все генетические лаборатории предоставляют одинаковые отчёты по одному и тому же пациенту📄
Те, кто специализируется исключительно на поиске соматических мутаций, позволяющих назначить таргетную терапию могут пропустить кое что очень важное.😦
Клинический случай: пациентка проходила обследование и лечение по поводу метастатической меланомы, и ее онколог подозревал, что заболевание может быть ассоциировано с семейной мутацией в гене BRCA2. 👨👩👧👦
У матери пациентки был рак молочной железы, и при ее обследовании была обнаружена синонимичная мутация гена BRCA2 в кодирующей области. Синонимичная мутация - замена кодона, не приводящая к замене кодируемой аминокислоты. Традиционно синонимичные мутации не вызывают болезней. Тем не менее, некоторые синонимичные мутации не являются доброкачественными и могут влиять на сплайсинг молекулы ДНК. Это, в свою очередь, может нарушить процесс трансляции белка и вызвать повышенный риск развития рака.
Мутация гена BRCA2, которая была обнаружена у матери пациентки, нарушает донорный сайт сплайсинга и вызывает пропуск экзона. Мутация описана в литературе как пример «молчащей» мутации, которая на самом деле является патогенной. В общедоступной базе данных вариантов ClinVar этот вариант указан как патогенный.
Онколог подозревал, что пациентка с метастатической меланомой унаследовала ту же мутацию BRCA2 от своей матери. Врач отправил образец меланомы дочери в лабораторию для поиска соматических мутаций, в надежде определить дополнительные варианты лечения.
Когда результаты были готовы, мутация гена BRCA2 не сообщалась в отчете. Доктор связался с лабораторией с целью уточнения причины. Лаборатория подтвердила, что мутация также была обнаружена, однако не внесена в отчет из-за того, что была синонимичной. Генетики лаборатории, преимущественно анализирующие соматические мутации, не отнесли ее к патогенной. После обращения доктора отчет был переделан.
Источник: precision oncology news. Genetic testing challenges in oncology. May 26, 2020